2003年，广州中医药大学中药学院，学士；
2005年，中山大学药学院，硕士，导师：王冬梅；
2006-2007年，康化（上海）新药研发有限公司；
2011年，香港浸会大学化学系，博士，导师：蔡宗苇；
2010年5月-2010年8月，德国亥姆霍兹慕尼黑研究中心，交换生，导师：Philippe Schmitt-Kopplin；
2011-2012年，香港浸会大学化学系，博士后，合作导师：蔡宗苇；
2012年4月-2012年6月，德国亥姆霍兹慕尼黑研究中心，访问学者，合作导师：Philippe Schmitt-Kopplin；
2012-2014年，香港浸会大学化学系，研究助理教授，合作导师：蔡宗苇；
2014-2015年，香港浸会大学中医药学院，高级研究员，合作导师：卞兆祥；
2015年12月-2018年1月，上海交通大学医学院基础医学院副研究员、研究员；
2018年2月-8月，上海交通大学附属第六人民医院转化医学中心，研究员；
2018年10至今，厦门大学生命科学学院，教授。
2003, BSc, College of Chinese Medicine, Guangzhou University of Chinese Medicine;
2005, MSc, School of Pharmaceutical Sciences, Sun Yat-sen University;
2006-2007, PepTech (Shanghai) Pharmaceutical Co., Ltd;
2011, Ph. D., Department of Chemistry, Hong Kong Baptist University;
May 2010-Aug. 2010, Exchange Student, Helmholtz Zentrum München, Germany;
2011-2012, Postdoctoral Fellow, Department of Chemistry, Hong Kong Baptist University;
Apr. 2012-Jun. 2012, Visiting Scholar, Helmholtz Zentrum München, Germany;
2012-2014, Research Assistant Professor, Department of Chemistry, Hong Kong Baptist University;
2014-2015, Senior Research Associate, School of Chinese Medicine, Hong Kong Baptist University;
Dec. 2015-Jan. 2018, Associate Professor, Professor, College of Basic Medical Sciences, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine;
Feb. 2018-Aug. 2018, Professor, Center for Translational Medicine, Shanghai Jiao Tong University Affiliated Sixth People's Hospital;
Oct. 2018- Professor, School of Life Sciences, Xiamen University.

本课题组强调“通百艺，专一长”，整合质谱分析技术、人工智能和代谢生物学，开展功能代谢组学研究。欢迎不同背景的研究生和博士后加盟，团队突出强交叉和深合作，一同为推进代谢组“暗物质”驱动AI制药新赛道做好充分准备。
课题组研究方向包括：
1. 人工智能驱动的新型代谢物鉴定与疾病诊断；
2. 功能代谢物对人类重大疾病的作用机制；
3. 单细胞代谢组学和脂质组学技术开发；
4. 细胞器代谢组学方法开发与代谢网络构建；
5. 新药靶点鉴定与药物开发。

代表性论文(^# co-first author, ^* Corresponding author):

[1] Xu H, Jiang T, Lin Y, Zhang L, Yang H, Huang X, Mao R, Yang Z, Zeng C, Zhao S, Di L, Zhang W, Zeng J*, Cai Z*, Lin SH*. LipidIN: a comprehensive repository for flash platform-independent annotation and reverse lipidomics. Nat Commun. 2025 May 16;16(1):4566.
[2] Wang Z*, Dai R, Kang L, Yang H, Chen Z, He J, Shu L, Zhong Y, Zhang Y, Hua Z, Huang Y, Jiang Y, Li J, Xu L, Lan F*, Lin SH*, Wong J*. SOX2 drives esophageal squamous carcinoma by reprogramming lipid metabolism and histone acetylation landscape. Nat Commun. 2025 Sep 2;16:8190.
[3] Zhang Z, Yang H, Wang Y, Zhang L, Lin SH*. QuanFormer: A Transformer-based Precise Peak Detection and Quantification Tool in LC-MS-based Metabolomics. Anal Chem. 2025 Feb 11;97(5):2698-2706.
[4] Yang Z, Wu D, Lu S, Qiu Y, Hua Z, Tan F, Zhang C, Zhang L, Zhang D, Zhou X*, Cai Z*, Shang Y*, Lin SH*. Plasma metabolome and cytokine profile reveal glycylproline modulating antibody-fading in convalescent COVID-19 patients. Proc Natl Acad Sci U S A. 2022 Aug 23;119(34):e2117089119.
[5] Liu Y, Cong Y, Niu Y, Yuan Y, Tan F, Lai Q, Hu Y, Hou B, Li J, Lin C, Zheng H, Dong J, Tang J, Chen Q, Brzostek J, Zhang X, Chen XL, Wang HR, Gascoigne NRJ, Xu B*, Lin SH*, Fu G*. Themis is indispensable for IL-2 and IL-15 signaling in T cells. Sci Signal. 2022 Feb 15;15(721):eabi9983.
[6] Gong Y, Tang N, Liu P, Sun Y, Lu S, Liu W, Tan L, Song C, Qiu X, Liao Y, Yu S, Liu X, Lin SH*, Ding C*. Newcastle disease virus degrades SIRT3 via PINK1-PRKN-dependent mitophagy to reprogram energy metabolism in infected cells. Autophagy. 2022 Jul;18(7):1503-1521.
[7] Shi Z, Gan G, Xu X, Zhang J, Yuan Y, Bi B, Gao X, Xu P, Zeng W, Li J, Ye Y, Zhou A, Zhang N, Liu W*, Lin S*, Mi J*. Kynurenine derivative 3-HAA is an agonist ligand for transcription factor YY1. J Hematol Oncol. 2021 Sep 25;14(1):153.
[8] Lin Q, Rong L, Jia X, Li R, Yu B, Hu J, Luo X, Badea SR, Xu C, Fu G, Lai K, Lee MC, Zhang B, Gong H, Zhou N, Chen XL, Lin SH*, Fu G*, Huang JD*. IFN-γ-dependent NK cell activation is essential to metastasis suppression by engineered Salmonella. Nat Commun. 2021; 12(1):2537.
[9] Guo W, Li K, Sun B, Xu D, Tong L, Yin H, Liao Y, Song H, Wang T, Jing B, Hu M, Liu S, Kuang Y, Ling J, Li Q, Wu Y, Wang Q, Yao F, Zhou BP, Lin SH*, Deng J*. Dysregulated Glutamate Transporter SLC1A1 Propels Cystine Uptake via Xc- for Glutathione Synthesis in Lung Cancer. Cancer Res. 2021; 81(3):552-566.
[10] Zhao Y, Shang Y, Ren Y, Bie Y, Qiu Y, Yuan Y, Zhao Y, Zou L*, Lin SH*, Zhou X*. Omics study reveals abnormal alterations of breastmilk proteins and metabolites in puerperant women with COVID-19. Signal Transduct Target Ther. 2020; 5(1):247.
[11] Jin N, Bi A, Lan X, Xu J, Wang X, Liu Y, Wang T, Tang S, Zeng H, Chen Z, Tan M, Ai J, Xie H, Zhang T, Liu D, Huang R, Song Y, Leung EL, Yao X, Ding J, Geng M*, Lin SH*, Huang M*. Identification of metabolic vulnerabilities of receptor tyrosine kinases-driven cancer. Nat Commun. 2019; 10(1):2701.
[12] Li M, Lu Y, Li Y, Tong L, Gu XC, Meng J, Zhu Y, Wu L, Feng M, Tian N, Zhang P, Xu T, Lin SH*, Tong X*. Transketolase Deficiency Protects the Liver from DNA Damage by Increasing Levels of Ribose 5-Phosphate and Nucleotides. Cancer Res. 2019; 79(14):3689-3701.

荣誉、奖励及参加学术团体的情况:

执教课程:
有机化学（使用教材：南京大学出版社，陆国元主编，第三版）