生物化学与生物技术系是在原生物学系的基础上，整合与生物化学、分子生物学、生物技术学、微生物学等相关学科组成的科研与教学单位。主要从事蛋白质结构与功能、微生物药物、环境微生物与资源微生物、植物细胞生物学及植物基因工程等研究。

　　生物化学与生物技术系现有教师 37人，其中教授10人，博士生导师6人，副教授13人，讲师12人。设有生物化学与分子生物学福建省重点学科；生物技术本科专业及国家生物科学与生物技术人才培养基地；微生物学、生物化学与分子生物学、细胞生物学、水生生物学等4个博士和硕士招生专业。目前的主要研究方向有：

　　蛋白质结构与功能： 主要从事铁蛋白结构与新功能系列研究、海洋软体动物中枢神经系统功能蛋白质组的结构与功能研究、酶的结构与功能、酶作用的动力学、酶活力调控机理、酶抑制作用机理、蛋白质的折叠与去折叠等研究。同时在酶产品的开发与应用方面也开展了卓有成效的工作，如生物色素的开发、抗癌多肽的开发等。课题组荣获了 2002年度教育部提名国家自然科学二等奖、2003年度福建省科学技术进步三等奖等。

　　微生物药物学： 从事微生物药物的研究与开发，着重于研究海洋微生物及植物内生真菌来源的微生物。主要研究内容包括：微生物的分离、抗菌抗肿瘤药物筛选模型的建立、活性菌株代谢产物的分离纯化与结构解析、候选药物的药理及毒理学研究等。该课题组在国内外重要刊物上发表了 100多篇研究论文，获得国家专利3项及福建省科学技术进步三等奖2项。

　　环境与资源微生物： 主要从事水产养殖动物的病害与防治、水产养殖微生态制剂、微生物的生态过程与海域生产力的关系、赤潮灾害的微生物防除和深海极端微生物资源、太阳能生物制氢、生物发酵制氢、有害污染物的微生物降解及资源化利用、资源微生物利用等研究。 1996年获得了国家教委科技进步二等奖、1998年教育部科技进步三等奖以及福建省和厦门市的多项科技进步奖、2003年度教育部科技进步一等奖。

　　植物细胞生物学与植物基因工程： 以包括藻类在内的植物细胞生物学和植物基因工程为主要研究方向，主要研究内容有： 硅藻浮游植物分子生物学；微型硅藻、赤潮生物多样性与分子和显微识别技术、海洋微藻特异基因的克隆与利用；藻类活性物质的开发与利用 水稻、红树等植物的功能基因克隆、转基因植物的研究、植物对重金属污染的应答与生物修复、特殊植物资源的开发与利用、植物生物反应器的研究与开发等。 承担了国家“九五”重大项目、 973、863、国家自然科学基金等20余项科研项目。