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欧阳鑫昊

发布时间:2015-05-20来源:点击数:3540

欧阳鑫昊OUYANG Xinhao, Ph.D.

副教授

系统与计算生物学SystemsBiology and ComputationalBiology

电话+86-592-2880348

E-mailouyangxinhao@xmu.edu.cn


2006年,四川农业大学农学院,学士学位

2011年,四川农业大学,水稻研究所,博士学位

2009-2011年,耶鲁大学,分子细胞发育生物学系,访问博士生

2012-2014年,北京大学-耶鲁大学植物分子遗传及农业生物技术联合中心,博士后

2012-2015年,四川农业大学,水稻研究所,助理研究员

2015年至今,厦门大学生命科学学院,副教授


研究领域 (Research Area)

本课题组主要从事系统生物学与计算生物学相关研究。我们利用模式植物水稻和拟南芥为研究材料主要研究植物基因网络的精细调控过程。


研究手段(Methods)

我们利用Crispr Cas9定点突变技术、染色体片段代换及EMS诱变获得用于基因网络研究的植物遗传材料。我们通过分子生化实验、光学显微镜、RNA-seqChIP-seq等技术收集基因表达、蛋白积累、蛋白-蛋白相互作用、蛋白-DNA相互作用的实验结果。进一步,我们利用生物信息学方法处理高通量测序数据。最终,我们整合各种实验数据建立数学模型解析植物基因调控网络的运行机理。


应用 (Application)

在水稻育种中,我们发现当改变单个基因获得某个优良性状时,往往伴随着一些不利性状的产生。而最终优良品种的获得往往需要多个相关基因共同作用。而我们的研究有助于阐述这些相关基因如何形成调控网络并促进优良品种的形成。最终,我们期望通过基因网络精细调控研究推动分子育种和数值化育种在中国的发展。


学习 (Study)

我们推崇基于项目的学习的教学手段。在项目的执行过程中,学生利用各种途径主动学习有利于课题发展的新知识。我们鼓励学生与其他专业的教授和学生进行深入探讨和交流。希望在交流的过程中,学生能够得到灵感和启发,并最终完成自己的研究项目。同时,我们欢迎有计算机,数学,物理和化学等相关专业背景的同学加入本实验室,共同参与植物生物学与多学科交叉的前沿研究


代表性论文Selected Publications

1. Ouyang, X., Huang, X., Jin, X., Chen, Z., Yang, P., Ge, H., Li, S and Deng, X. W. (2014).Coordinated  photomorphogenic UV-B signaling network captured by mathematical modeling. Proc Natl Acad Sci USA.  Published online July 23 2014.

2  .Ouyang, X., Li, J., Li, G., Li, B., Chen, B., Shen, H., Huang, X., Mo, X., Wan, X., Lin, R., Li, S., Wang, H., Deng,X. W. (2011). Genome-wide binding site analysis of FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL3 reveals its novel function inArabidopsis development.Plant Cell 23, 2514-2535.

3.  Huang, X.*,Ouyang, X.*, Yang, P.,Lau, O. S.,Li, G., Li, J.,Chen, H.,Deng, X. W. (2012)Arabidopsis FHY3 and HY5 positively mediate induction ofCOP1 transcription Induction in Response to Photomorphogenic UV-B Light. Plant Cell 24, 4590-4606.

4.  Zhao, J.*, Huang, X.*, Ouyang, X.*#, Chen, W., Du, A., Zhu, L., Wang, S., Deng, X. W., Li, S#. (2012)OsELF3-1, an ortholog ofArabidopsis EARLY FLOWERING 3 regulates rice circadian rhythm and photoperiodic flowering.PLoS ONE7, e43705.*equal contribution#co-corresponding author

5.  Huang, X.,Ouyang, X.& Deng, X. W. Beyond repression of photomorphogenesis: role switching of COP/DET/FUS in light signaling.CurrOpin Plant Biol, 96-103, (2014).

6.  Huang, X.,Yang, P.,Ouyang, X., Deng, X. W. (2014) Photoactivated UVR8-COP1 Module Determines Photomorphogenic UV-B Signaling Output inArabidopsis.PLoS Genet10,e1004218.

7.  Huang, X., Ouyang, X., Yang, P.,Lau, O. S., Chen, L., Wei, N., Deng, X. W.(2013) Conversion from CUL4-based COP1-SPA E3 apparatus to UVR8-COP1-SPA complexes underlies a distinct biochemical function of COP1under UV-B.Proc Natl Acad Sci USA 110, 16669-16674.

8. Li, G., Siddiqui, H., Teng, Y., Lin, R., Wan, X.Y., Li, J., Lau, O.S.,Ouyang, X., Dai, M., Wan, J., Devlin, P.F.,Deng, X.W., and Wang, H.(2011). Coordinated transcriptional regulation underlying the circadian clock in Arabidopsis.Nat Cell Biol 13, 616-622

9. Fu, C.,Yang, X.O., Chen, X., Chen, W., Ma, Y., Hu, J., and Li, S.(2009). OsEF3, a homologous gene of Arabidopsis ELF3, has pleiotropic effects in rice.Plant Biol (Stuttg) 11, 751-757